Le plateau du Puy, sur lequel s’élève l’actuel cimetière, est le noyau initial de l'agglomération (entre l’an Mille et le début du 12ème siècle). A cette époque, un habitat s’était constitué vraisemblablement autour de l'église Saint Michel dont l’existence est attestée à partir du milieu du 14ème siècle. Outre sa fonction religieuse, cette église était le lieu où se rassemblaient les représentants de la communauté pour prendre les grandes décisions, comme l’atteste un document d’archive daté de 1356. La chapelle actuelle daterait du 16ème siècle.
Parmi les personnalités qui sont enterrées au cimetière de Saint-Paul, Marc Chagall occupe une place particulière puisqu’il habita le village de 1966 à 1985. Pendant presque 20 ans, il peignit dans son atelier saint-paulois d’innombrables paysages de Saint-Paul où amoureux, chèvres et coqs flottent au-dessus du village et des remparts dans les effluves d’immenses bouquets de fleurs.
Sur le deuxième plateau du cimetière, Aimé et Marguerite Maeght reposent au côté de leur fils Bernard, décédé à l'âge de 11 ans.